در متدلوژی‌های PRFDE، متدلوژی مهندسی سیستم‌های اطلاعاتی بخش بسیار مهمی‌از مفهوم گسترده مدیریت منابع اطلاعاتی می‌باشد که بر توسعه و کنترل تمامی‌منابع مورد نیاز جهت تولید اطلاعات دلالت دارد. در جایی که متدلوژی مهندسی سازمان درصدد توسعه راهبردهای اطلاعاتی سازمان می‌باشد، متدلوژی مهندسی سیستمهای اطلاعاتی (و نیز مهندسی پایگاه داده) در ارتباط با ایجاد سیستم‌ها و منابع داده لازم جهت ایجاد اطلاعات می‌باشند.

متدلوژی مهندسی سیستمهای اطلاعاتی به طور کلی جهت ایجاد انواع سیستم‌های اطلاعاتی (صرف نظر از صنعتی خاص، کاربردی خاص و یا زبان/تکنیک نرم‌افزاری خاصی) قابل اجرا و بهره‌برداری می‌باشد. این متدلوژی در ارتباط با ایجاد سیستم‌های عمده به طور کمال و تمام است. از این رو، ISEM معماری سیستم‌های سطح بالا (مورد نیاز جهت مهندسی نرم‌افزار که به منظور توسعه برنامه‌های رایانه‌ای استفاده می‌شود) را فراهم می‌آورد. به همین دلیل، مهندسی نرم‌افزار به عنوان یک زیرمجموعه در مهندسی سیستمهای اطلاعاتی مطرح می‌باشد. اگرچه ISEM قابلیت توسعه هرگونه سیستم را فراهم می‌آورد، اما تعهدی را در قبال استفاده از زبانهای برنامه‌ریزی خاص یا تکنیکهای طراحی دارا نمی‌باشد. در نتیجه، مراحل برنامه‌نویسی در ISEM (مراحل 4،5 و 6) امکان بهره‌گیری از ابزارها و تکنیکهای مختلف مهندسی نرم‌افزار را ایجاد می‌کند.
9-1-2- مفاهیم و اصول
«همواره باید به خاطر داشته باشیم که ایجاد یک سیستم جدید، سخت‌ترین کار جهت برنامه‌ریزی، مهم‌ترین کار در موفقیت و پرریسک‌ترین کار جهت مدیریت می‌باشد». به طور کلی می‌توان اطلاعات را به صورت ذیل بیان نمود:
پردازش+ داده = اطلاعات
پردازش داده دارای اهمیتی هم‌سنگ خود داده‌های مورد پردازش است. در جایی که داده «چیستی» آنچه که پردازش می‌شود را بیان می‌کند، پردازش بیانگر چگونگی این امر می‌باشد که از الگوریتم‌ها، فرمول‌ها و محاسبات خاصی تبعیت می‌کند. محاسبه و پردازش غلط داده به اندازه خود داده‌های نادرست باعث انحراف می‌گردد؛ چرا که هر دو باعث تولید اطلاعات غلط می‌شوند. لذا از این منظر، هم‌ داده و هم پردازش آن، به عنوان منابع اصلی تولید اطلاعات، باید به دقت برنامه‌ریزی و کنترل شود. در این میان مهندسی پایگاه داده، یکپارچگی داده‌های لازم را مد نظر دارد و از طرف دیگر مهندسی سیستم اطلاعاتی با یکپارچگی سیستمهای مربوطه ارتباط پیدا می‌کند.
سیستم اطلاعاتی یک توده بی‌نظم و بی‌ساختار نیست، بلکه دارای خصوصیاتی است که در ذیل به برخی اشاره می‌شود:
دارای هدف می‌باشد: که همانا تولید اطلاعات و پاسخ به نیازهای سازمان است.
به نحو روتین و قابل پیش‌بینی فعالیت می‌کند.
مجموعه‌ای از یک یا چند جزء است که یک کل را تشکیل می‌دهند.
این سه خصوصیت ویژگی عناصر اصلی و اساسی هر سیستمی‌(اطلاعاتی و غیره) را نشان می‌دهد.
در ابتدای ظهور و بروز رایانه‌ها، تفکر و رویکرد غالب به این فناوریها چیزی فراتر از مجموعه‌ای از برنامه‌ها و عملکردها نبود. این امر باعث می‌شد تا توجه کمی‌به دیگر ابزارهای غیر رایانه‌ای در پردازش داده مبذول شود و بنابراین، داده و ابزارهای غیررایانه‌ای، اموری غیرمرتبط تلقی می‌گردیدند. از این‌رو، اغلب، برنامه‌نویسی در انجام امور مورد توجه قرار می‌گرفت که این دیدگاه بعدها با تبیین اهمیت جایگاه طراحی، برنامه‌ریزی و سیستم به عنوان یک کل تعدیل گردید.
9-1-3- سیستم یک کالا است.
اصل اساسی آن است که سیستم اطلاعاتی یک کالا است که می‌توان آن را همانند دیگر محصولات مهندسی نموده و ساخت. با این رویکرد، سیستم شامل سطوح تجرید مختلف و متعدد (از عمومی‌تا تخصصی) می‌باشد که کلیت پردازش را تعیین می‌کنند:
سیستم اطلاعاتی: بیانگر بالاترین سطح محصول و محدوده یک سیستم است. یک سیستم اطلاعاتی به طور دلخواه توسط یک سازمان تعریف و تعیین می‌گردد. این سیستم بر مبنای تعداد کل زیرسیستم‌هایی که یک سازمان جهت پاسخ به نیازهای سازمانی خود احتیاج دارد، تعیین می‌گردد. ممکن است در یک سازمان، یک سیستم اطلاعاتی واحد و متشکل از صدها زیرسیستم به فعالیت بپردازد و یا ممکن است در سازمان از چندین سیستم اطلاعاتی مختلف بهره‌برداری شود.
زیرسیستم‌ها: یک فرآیند سازمانی که در یک چهارچوب زمانی خاص وجود دارد. در اصل، فرآیند منطقی تعیین می‌کنند که چه داده‌ای در چه زمانی باید مورد پردازش قرار گیرد. هر زیرسیستم شامل یک یا چند رویه اداری است که ممکن است توسط یک رویه کامپیوتری پشتیبانی ‌گردد.
رویه‌های اداری : بیانگر آن است که چه عملیاتی توسط چه کسی از منظر مدیریتی انجام پذیرد که این رویه‌ها شامل یک یا چند اقدام عملیاتی می‌باشند. برخی از این رویه‌ها عبارتند از پردازش دستی، پردازش اتوماتیک، ورود داده و غیره.
اقدامات عملیاتی : اقدامات خاص که جهت انجام یک کار یا اخذ یک تصمیم باید انجام پذیرد.
رویه‌های رایانه‌ای : همانند رویه‌های اداری بیانگر آن است که چه عملیاتی باید توسط رایانه انجام گیرد. این رویه‌ها از یک یا چند برنامه تشکیل شده‌اند.
برنامه‌ها : همانند مراحل عملیاتی در رویه‌های اداری، برنامه‌ها بیانگر فعالیت‌های اجرایی هستند که توسط رایانه انجام می‌پذیرد.
تفاوتهای اندکی که میان رویه‌های اداری و رویه‌های رایانه‌ای وجود دارد که در عامل انجام کار در این دو خلاصه می‌شود که در اولی این پردازش به نحو دستی بوده و در دومی‌پردازش و انجام فعالیتها به کمک رایانه‌ می‌باشد. در این دو نوع رویه، رویه‌های اداری بیشتر مورد غفلت قرار می‌گیرد. سیستم‌ها اغلب به دلیل فقدان رویه‌های اداری است که با شکست روبرو می‌گردند. اگر افراد ندانند که چگونه باید از یک سیستم استفاده کنند، سیستم هیچ‌گاه مثمر ثمر نخواهد بود.
این ساختار از کالا، فراهم‌آورنده چارچوب معماری مورد نیاز جهت مهندسی سیستم‌های اطلاعاتی می‌باشد. تمامی‌سیستم‌های اطلاعاتی دارای چنین ساختاری هستند. از نظر اصطلاحات «ساخت و تولید» می‌توان سیستم‌های اطلاعاتی را به عنوان «فهرست چهار سطحی مواد اولیه » بیان نمود که محصول را از سطح عمومی‌تا سطح تخصصی آن نشان می‌دهد. هر سیستم اطلاعاتی را می‌توان با استفاده از ساختار استاندارد سیستم مدلسازی نمود. (نگاره9-1)
نگاره9-1: ساختار استاندارد یک سیستم(سیستم یک کالاست)
در طول طراحی سیستم، ساختار محصول تا رسیدن به عناصر و اجزاء کوچک آن تفکیک و تجزیه می‌گرد و در ادامه، این ساختار مجدداً در طول تست و استقرار ادغام می‌شود. این تکنیک «تفکیک/ ادغام » در بحث‌های مهندسی/ ساخت کاملاً رایج است.
9-1-4- یکپارچگی سیستم‌ها
تنها راه ایجاد ارتباط میان سیستمها (چه از حیث داخلی یا خارجی)، داده است. از طریق داده است که سیستم‌ها با سیستم‌ها، زیرسیستم‌ها با زیرسیستم‌ها، رویه‌ها با رویه‌ها و برنامه‌ها با همدیگر به تعامل می‌پردازند. داده مانند یک عنصر چسبنده، سیستم و اجزاء آن را متصل به یکدیگر نگه می‌دارد. لذا جهت استفاده مجدد و کاربردهای متعدد مورد نیاز از آن، لازم است تا داده را تعریف و استاندارد نمود. هر چند، از آنجا که افراد، سیستم‌ها را چیزی فراتر از برنامه‌های منفک قلمداد نمی‌کنند، لذا برای آنان ساده‌تر است که داده را بر اساس و مبنای «کاربرد به کاربرد»  تعریف نمایند که این امر دلیل اصلی در تولید داده تکراری و اضافی می‌باشد.
از دیدگاه مهندسی/ساخت، داده در موضوع مدیریت مواد اولیه مطرح می‌گردد که در آن استانداردسازی و کنترل مواد به منظور حداکثر نمودن کارآیی و اثربخشی آن صورت می‌پذیرد. همین سناریو در قبال داده نیز اتخاذ می‌شود؛ داده طبقه‌بندی می‌گردد، ذخیره شده و مورد استفاده مجدد قرار می‌گیرد. بنابراین پایگاه داده به عنوان موضوع کنترل تمامی‌داده‌های مورد نیاز جهت تولید اطلاعات (صرف نظر از اینکه کجا استفاده می‌شود و یا اینکه چگونه ذخیره می‌شود) مطرح می‌گردد.
9-1-5- طراحی مبتنی بر اطلاعات
از آنجا که هدف سیستم‌های اطلاعاتی تولید اطلاعات می‌باشد، هر چه درک و فهم دقیق‌تری از اطلاعات حاصل شود، بهره‌گیری و استفاده از آن نیز موثرتر خواهد بود. از همین‌روست که مفهوم «طراحی مبتنی بر اطلاعات» اتخاذ گردیده است؛ به عبارت دیگر، یک سیستم بر اساس خصوصیات و ویژگیهای اطلاعاتی آن طراحی می‌گردد. اطلاعات به منظور پشتیبانی از اقدامات و یا تصمیمات خاص سازمان استفاده می‌شود. بدین ترتیب سه نوع اطلاعات در سازمان وجود دارد:
اطلاعات سیاستی- جهت اتخاذ تصمیمات اجرایی
اطلاعات کنترلی- نظارت بر خط مشی و مدیریت عملیاتها
اطلاعات عملیاتی- جهت اجرای فعالیتهای روزانه سازمان
در این میان یکی از جنبه‌های اصلی اطلاعات که نقش بسیار مهمی‌در ارزش نهایی آن دارد، به زمانی که مورد نیاز است مرتبط می‌گردد. بنابراین حیات و بقای یک سازمان به تهیه اطلاعات درست در زمان مناسب بستگی دارد.
نگاره9-2: مفهوم طراحی مبتنی بر اطلاعات
9-1-5-1- زمان‌بندی
برای آنکه بتوان به نحو مناسب الزامات اطلاعاتی را مشخص نمود، علاوه بر آن که لازم است داده‌های مورد نیاز مشخص شوند، تعیین زمان‌بندی این اطلاعات نیز ضروری است. این زمان‌بندی در نهایت چگونگی جمع‌آوری، ذخیره و بازیابی داده را معین می‌کند. شکست در درک اهمیت این عنصر اساسی در طراحی سیستم باعث می‌گردد تا همزمانی میان پایگاههای داده و محتویات آن با کاربردها و نیازها ایجاد نگردد.
چهارچوبهای زمانی مختلفی در فعالیت سیستم‌های اطلاعاتی وجود دارد (مستمر، روزانه، ماهانه، و…) اما به طور کلی سه جنبه در زمان‌بندی وجود دارد: تناوب، زمان شروع و  لحظه پاسخ.
تناوب : معین‌کننده آهنگ زمان استقرار نیاز اطلاعاتی می‌باشد مانند: همزمان با وجود درخواست، هر ساعت، دو بار در روز، هفتگی، ماهانه، هر سه ماه یکبار و غیره.
زمان شروع : تعیین می‌کند که چه زمانی پردازش باید آغاز گردد مانند: ابتدای هفته، پایان ماه و غیره. در حالتی که تناوب نیاز اطلاعاتی به صورت «مستمر» می‌باشد، نمی‌توان زمان‌بندی خاصی را برای افست در نظر گرفت.
زمان پاسخ : بیانگر آن است که با چه سرعتی باید اطلاعات به کاربر تحویل داده شود مانند پنج ثانیه، دو ساعت، یک روز و …
البته نباید «زمان پاسخ» را با «زمان پردازش» که بیانگر سرعت دستگاه می‌باشد، اشتباه گرفت. زمان پاسخ، حداکثر زمان میان درخواست و تحویل اطلاعات به کاربر است به نحوی که وی بتواند تصمیم و یا اقدام مقتضی را اتخاذ نماید. این بدان معنی است که اگر زمان پاسخ فراتر رود، دیگر اطلاعاتی وجود نخواهد داشت، بلکه صرفاً خروجی یک سری داده‌های گذشته و تاریخی خواهد بود.
داده‌های مورد نیاز جهت تولید اطلاعات باید از لحاظ اینکه چه داده‌های خارجی دیگر توسط کاربر لازم است که ذخیره شده باشد و یا اینکه چه داده‌های داخلی باید از طریق محاسبات درونی سیستم فراهم آید، تعریف گردد. در نهایت، ویژگیهای داده‌ها و نیز زمان‌بندی آنها که در نتیجه‌ی تحلیل الزامات اطلاعاتی بدست می‌آید، تعیین‌کننده نوع سیستم اطلاعاتی مورد نیاز خواهد بود. به عنوان مثال، اگر اطلاعات با درخواست کاربر و در طی چند ثانیه مورد نیاز است، نوع فرآیند لازم احتمالاً «تعاملی » خواهد بود. اگر این اطلاعات همزمان با درخواست کاربر اما در چارچوب زمانی وسیع‌تری مورد نیاز باشد، فرآیند از نوع «بسته‌ای » خواهد بود. ایجاد یک طراحی مناسب از سیستم اطلاعاتی به نحوی که پاسخگوی الزامات و نیازهای مختلف باشد، یک جزء حیاتی در مفهوم «طراحی مبتنی بر اطلاعات» است. کیفیت سیستم نهایی فقط به اندازه کیفیت و صحت ویژگیها و خصوصیاتی که بر مبنای آن شکل گرفته است، می‌باشد. با این رویکرد، تاکید اصلی بر تحلیل سازمان و بخشهای مختلف است (در مقابل تاکید بر جزئیات فنی نرم‌افزاری). تا زمانی که مشکل و مسئله به خوبی تعریف و درک نگردد، هیچ میزان از فناوری‌های پیشرفته و برنامه‌نویسی‌های عالی قادر به حل و فصل آن نخواهند بود.
9-1-6- تفکیک به ترتیب وقوع
این تکنیک یکی از ابزارهایی است که جهت اجرای مفهوم «طراحی مبتنی بر اطلاعات» استفاده می‌شود. همانگونه که از نام آن نیز برمی‌آید، زمان‌بندی جزء اساسی این تکنیک است. بر اساس الزامات اطلاعاتی این تکنیک یک سیستم را به فرآیندهای منطقی (زیرسیستم‌ها)، با توجه به زمان‌بندی آن و ورودی‌ها و خروجی‌ها و پردازش خاص تفکیک می‌نماید. در این روش، تکنیک رو به عقب نیز وجود دارد که از دریافت کننده اطلاعات تا منبع اولیه آن حرکت می‌کند (از خروجی به ورودی). به این ترتیب، مهندس سیستم به اجبار تمامی‌داده‌های مورد نیاز جهت تولید برنامه کاربردی را مدنظر قرار خواهد داد و مشکل غفلت از داده‌های ضروری رفع می‌گردد. در این روش همچنین تاکید زیادی بر تسهیم داده می‌باشد. شاید یکی از مهمترین مزایای استفاده از «تفکیک به ترتیب وقوع» آن است که داده به بهترین وجه سازماندهی می‌گردد و پردازش آنها به نحو ساده‌ای انجام می‌پذیرد.
پس از آنکه طرح منطقی تهیه شد، توجه‌ها باید به بهترین وجه ممکن به پردازش داده از لحاظ فیزیکی معطوف گردد. در این بخش است که «جریان کار» از ابتدا تا انتها و از ورودی تا خروجی طراحی می‌گردد. همچنین تفکیک و تجزیه وظیفه‌ای و طراحی مبتنی بر داده به بهترین وجه انجام می‌شود. خصوصیات داده (این خصوصیات از تفکیک بعد زمانی بدست می‌آید که تعیین کننده اعتبار داده‌ها می‌باشد)، ساختار داده (که بیانگر ارتباط میان ورودی، خروجی و پردازش آن است) و اینکه چه وظایفی باید توسط رایانه صورت پذیرد (مثل ایجاد، به روزرسانی و رجوع- که به ترتیب در ارتباط با نوشتن، خواندن و فقط خواندن است) تعیین می‌کند که چه برنامه‌هایی مورد نیاز است.
به هیچ عنوان نباید میان تفکیک از بعد زمان و تفکیک از بعد وظیفه اختلاطی بوجود آید هر کدام از این دو دارای اهداف و مقاصد متمایز و متفاوتی هستند. اولی با طراحی سیستم منطقی بر اساس خصوصیات اطلاعاتی در ارتباط است در حالی که دومی‌به اینکه چگونه باید داده از لحاظ فیزیکی پردازش شود، مربوط می‌گردد.
9-1-7- روشهای پردازش
تمامی‌پردازشها بر مبنای «تراکنش » صورت می‌پذیرد که می‌تواند به صورت درخواست یک خروجی و یا جمع‌آوری یک ورودی باشد. هر تراکنش نشان‌دهنده شکلی از عملیات است. جهت گزارش خروجی، «درخواست»، «نمایش»، «چاپ»، «جستجو» و غیره تراکنش معمول هستند. از جمله تراکنش‌های ورودی می‌توان به «جدید»، «اضافه کردن»، «تغییر»، «حذف»، «به روز رسانی» و غیره اشاره نمود. تراکنش‌ها را می‌توان به صورت لحظه‌ای (مثل روشهای تعاملی) و یا بصورت گروهی (بسته‌ای) انجام داد. آنچه که در اینجا مهم است میزان تراکنش و سرعت آن در هر پردازش است که از لحاظ فیزیکی محدود به قابلیت‌ها و ظرفیت تجهیزات مورد استفاده می‌باشد.
پردازش «بسته‌ای» این مزیت را دارا است که حجم زیادی از تراکنش‌ها را در زمان نسبتاً کمی‌برای هر تراکنش پردازش می‌نماید. پردازش تعاملی از سرعت بالاتری در پردازش هر واحد تبادل برخوردار است. میل زیاد به تمرکز بر تکنیکهای پردازش (به جای توجه به مسائلی که باید حل شد) باعث می‌گردد تا سیستم از لحاظ فیزیکی با هزینه‌های بالایی راه‌اندازی شود.
بنابراین سئوالات اصلی در این حوزه آن است که: «مشکلات و مسائل سازمانی که باید حل و فصل شوند کدامند؟ و روش پردازش که اثربخش ترین حالات ممکن را در تولید اطلاعات با ارزش و به موقع دارا می‌باشد کدام است؟» در این جا، تکنیکهای برنامه‌نویسی چندان راه‌گشا نخواهد بود.
9-1-8- صورتهای پردازش
در هر فرآیندی صرف‌نظر از رایانه‌ای یا غیر رایانه‌ای بودن آن سه شکل کلی پردازش وجود دارد: زنجیره‌ای، شرطی و انتخابی.
نگاره9-3: صورتهای مختلف در فرآیندهای پردازش
البته واضح است که می‌توان این اشکال را به صورت ترکیبی در یک فرآیند خاص مشاهده نمود. تمامی‌رویه‌ها، برنامه‌ها و گامها حاوی ترکیبی از این سه صورت هستند.
مجدداً در این بخش نیز زمان‌بندی نقش مهمی‌را ایفا می‌کند. تمامی‌جنبه‌های زمان‌بندی (متناوب، افست و لحظه پاسخ) جهت همزمان نمودن پردازش بکار گرفته می‌شوند. این جنبه‌ها تعیین می‌کنند که هر چند یکبار باید پردازش انجام گیرد، چه زمان باید آغاز شود و چه مدت باید پردازش به طول انجامد.
9-2-1- مستندسازی لایه‌ای
با توجه به آنکه طراحی سیستم باعث می‌گردد تا سیستم از فرم منطقی به سوی استقرار فیزیکی نهایی حرکت کند، مستندسازی (که در اصل منعکس‌کننده طراحی است) نیز باید چنین کند. مستندسازی ابزار کار و محصول فرعی طراحی سیستم است. می‌توان آن را به نقشه‌ها و رسم‌های فنی تشبیه کرد که در آن، محصول در لایه‌های مختلفی از جزئیات طراحی می‌گردد؛ از سطح کلی و عام تا سطح جزئی و تخصصی. این روش به عنوان ابزاری جهت توضیح و تفسیر طراحی، ارتباطات میان سطوح مختلف طراحی را برای کاربران و مهندسین ایجاد می‌نماید.
خروجی‌های اصلی مرحله طراحی سیستمهای اطلاعاتی عبارتند از:
1- گزارش ارزیابی و مطالعه سیستم: این گزارش بیانگر «امکان‌سنجی» طرح می‌باشد که در آن الزامات اطلاعاتی تعریف گردیده و سیستمی‌که بناست توسعه یابد، پیشنهاد گردیده است. نمودار جریان اطلاعات و نمودار مفهومی‌سیستم در این گزارش ارائه می‌شود.

2- گزارش طراحی سیستم: این مجموعه بیانگر خصوصیات تمامی‌زیرسیستم‌های برنامه می‌باشد. فلوچارت سیستم که جایگاه زیرسیستم‌ها را در سیستم نشان می‌دهد، در این گزارش ارائه می‌شود.
3- گزارش طراحی زیرسیستم: این مجموعه خصوصیات رویه‌های موجود در یک زیرسیستم خاص را تعریف می‌کند. این گزارش حاوی فلوچارت زیرسیستمی‌است که رویه‌های مختلف در درون یک زیرسیستم را نشان می‌دهد.
4- گزارش رویه‌های اداری (4-1): در این گزارش، خصوصیات گامهای عملیاتی در یک رویه خاص تعریف می‌گردد که بیانگر کارهایی است که کاربر نهایی حین استفاده و بکارگیری سیستم انجام می‌دهد.
5-کتابچه استفاده از رایانه : این مجموعه خصوصیات برنامه‌هایی که در یک رویه کامپیوتری وجود دارد را تعریف می‌کند.
9-2-2-  نگاره‌ها
در متدلوژی مهندسی سیستم‌های اطلاعاتی، نگاره‌های متعدد و متنوعی به کار گرفته می‌شود که در ذیل برخی از آنها تشریح می‌گردد.
-نمودار جریان اطلاعات  (IFD): این نمودار بیانگر چگونگی استفاده توسط سازمان در یک سیستم واحد و خاص می‌باشد. در این نمودار، مرزها و محدوده سیستم از لحاظ اینکه در جریان اطلاعات یک برنامه چه کسی اطلاعات را تولید می‌کند، چه کسی آن را دریافت می‌کند و چه کسی در آن مشارکت دارد، تعریف می‌کند. توجه داشته باشید که این نمودار با نمودار جریان داده (DFD) که در برنامه‌نویسی کاربرد دارد اشتباه نشود.
-نمودار مفهومی‌سیستم : این نمودار می‌توان یک شمای آزادانه از کلیت سیستم ترسیم نمود. دقیقاً همانند طرحهای نقاشی معماران که برای نشان دادن محصول نهایی به کار گرفته می‌شود.
-فلورچارت سیستم : این نمودار سطح دوم در جزئیات سلسله مراتبی یک سیستم را نشان می‌دهد (یعنی زیرسیستم‌ها). هر زیرسیستم حاوی ورودی، خروجی، فایلها و زمان‌بندی است.{نمودار آن بحث شود}
-نمودار مفهومی‌زیرسیستم : با این نمودار نیز همانند نمودار مفهومی‌سیستم می‌توان شمایی آزادانه از جریان پردازش در زیرسیستم ترسیم نمود.
-فلورچارت زیرسیستم:  این نمودار نشان دهنده سطح دوم در جزئیات سلسله مراتبی یک سیستم است (یعنی رویه‌ها چه اداری چه رایانه‌ای). این نوع نمودار بیانگر نمودار فرآیند است که چگونگی انجام کارها در یک زیرسیستم را بیان می‌کند.
-فلوچارت رویه رایانه‌ای : که بیانگر سطح چهارم تجزئیات در سلسله مراتب یک سیستم است (برنامه‌ها). در این نمودار نیز همانند فلوچارت زیرسیستمها منطق پردازش، ورودی‌ها، خروجی‌ها و فایلها نشان داده می‌شود.
نمودارهای ساختار نرم‌افزاری – این نمودارها جهت نمایش منطق پردازش در یک برنامه و یا در یک ماژول استفاده می‌شوند. استفاده از هر نوع از این نمودارها به تکفیک مهندسی نرم‌افزار بستگی دارد که ممکن است از برنامه‌ای به برنامه دیگر متفاوت باشد.
همه آنچه که در روش مستندسازی بیان گردید این حقیقت را نمایان می‌سازد که مستندسازی سیستم باید قبل از برنامه‌نویسی تکمیل گردد، نه بعد از آن. تصاویر گرافیکها، منطق پردازش، موارد آزمون، راهنمایی کاربران، نمای ورود و خروج پیامها و غیره.
9-2-3- هدایت و اجرای متدلوژی
متدلوژی مهندسی سیستمهای اطلاعاتی شامل 9 مرحله اصلی می‌باشد که به پرسش‌های «چه چیزی باید انجام پذیرد؟» و «توسط چه کسی» پاسخ می‌دهد. هر مرحله در بردارنده مجموعه‌ای از فعالیت‌هاست آنها نیز به نوبه خود از اقدامات عملیاتی خاص تشکیل شده‌اند. همانند متدلوژی مهندسی سازمان، در اینجا نیز هر مرحله‌ای دارای خروجی خاص است که ملموس و قابل ارزیابی می‌باشد و از این طریق امکان بررسی پیشرفت متدلوژی مهیا می‌گردد. نقاط خاص بازنگری در سراسر مراحل وجود دارد که گفتگوی اثربخش میان مدیران، کاربران و توسعه‌دهندگان سیستم را امکان‌پذیر می‌سازد.
مرحله اول لزوماً در ارتباط با برنامه‌ریزی پروژه ISEM می‌باشد. مراحل دوم، سوم و چهارم نیز جهت تجزیه و تفکیک سیستم به اجزاء کوچکتر آن است. مراحل 5، 6، 7 و 8 به کنار هم قرار دادن مجدد اجزاء به همراه آزمایش و استقرار نهایی آن مربوط می‌گردد. در فاز 9 نیز ارزیابی جامعی از پروژه ISEM صورت گیرد.
در ذیل به اختصار در مورد هر یک از مراحل توضیحاتی ارائه گردیده است:
مرحله 1- ارزیابی و مطالعه سیستم: در این مرحله، سیستم و یا سیستمهایی که مدنظر می‌باشند، تعیین و مشخص می‌گردند. این امر شامل امکان‌سنجی پروژه در رابطه با این سیستمها است. در این مرحله نمودار مفهومی‌سیستم و نمودار جریان اطلاعات آن تهیه می‌گردد و در گزارش ارزیابی و مطالعه سیستم به عنوان خروجی این مرحله عرضه می‌گردد. بر اساس یافته‌های این مرحله، در نهایت تخمینهای راجع به فعالیتهای لازم، زمان و هزینه انجام پروژه و نیز تحلیل هزینه/ منفعت صورت می‌پذیرد و به مدیریت سازمان ارائه می‌گردد. تصمیم‌گیری درباره ادامه توقف و یا بازنگری در خروجی کار با آنان می‌باشد.
مرحله 2-  طراحی سیستم: در طول این مرحله تعریف رسمی‌از زیرسیستمهای سیستم مورد نظر انجام می‌گیرد و با استفاده از تجزیه و تفکیک زمانی، زیرسیستم‌ها در چارچوب زمانی منحصر به فردی به همراهی ورودی، خروجی و فایلهای مرتبط به آنها تعریف می‌گردند.
فلورچات سیستم و نمودارهای زیرسیستمها در طول این مرحله آماده گردیده و در قالب گزارش‌ طراحی سیستم به عنوان خروجی این مرحله ارائه می‌گردد. بر اساس این طراحی از سیستم‌، محدوده پروژه و نیز تخمینهای راجع به زمان و هزینه انجام آن به روزسانی می‌گردد تمامی‌این موارد به مدیریت سازمان جهت تصمیم‌گیری‌های بعدی ارجاع می‌شود.
در ادامه مرحله دوم، مرحله سوم برای هر یک از زیرسیستمهای مشخص شده، به صورت جداگانه انجام می‌پذیرد. به تعداد زیرسیستمهای شناسایی شده در مرحله دوم، مرحله سوم خواهیم داشت که بصورت موازی و یا (و یا به حالت زنجیره‌ای) ادامه می‌یابند. این امر بستگی به میزان منابع و زمان در دسترس می‌باشد. گاهی سازمانها یک سرپرست مخصوص برای هر یک از زیر سیستمها تعیین می‌کنند.
مرحله 3- طراحی زیرسیستم: زیرسیستم منطقی طراحی شده در این مرحله به رویه‌های فیزیکی که جهت پردازش داده (چه از لحاظ اداری و چه از لحاظ رایانه‌ای) می‌باشند، تفکیک و تجزیه می‌گردد. طراحی‌ها بر اساس اثربخشی و کارآیی هزیه امور انجام می‌پذیرد. فلوچارت زیرسیستمها در قالب «گزارش طراحی زیرسیستم» به عنوان خروجی این مرحله- ارائه می‌گردد. تخمینهای راجع به زمان و هزینه‌های پروژه مورد بازنگری قرار می‌گیرد. و مجموعه‌ آن به مدیریت سازمان جهت تصمیم‌گیری عرضه می‌شود.
مرحله 4-1- طراحی رویه‌های اداری در طول این مرحله، گامهای عملیاتی در انجام هر رویه اداری در زیرسیستم مورد نظر تعریف می‌گردد. رویه‌های مکتوب شده در قالب بسته‌ای به همراه ورودیها و خروجی‌های مربوط به آنان، عنوان «گزارش طراحی رویه‌های اداری» توسط کاربر نهایی مورد ارزیابی قرار می‌گیرد.
مرحله 4-2- مهندسی نرم‌افزار: این مرحله نقطه‌ای است که طراحی نرم‌افزار به صورت رسمی‌در متدلوژی آغاز می‌شود. اگرچه برنامه‌نویسی در طول مرحله قبل نیز به کار گرفته می‌شود، اما مراحل 4-2، 5 و6 حوزه‌های اصلی در برنامه‌نویسی می‌باشند. در جایی که مهندس سیستم به طراحی رویه‌های اداری در زیرسیستمها می‌پردازد، برنامه‌نویسان در این مرحله آغاز به طراحی و توسعه برنامه‌‌ها و رویه‌های رایانه‌ای می‌نمایند.
در طول این مرحله، راهبردهای استقرار نرم‌افزار تعیین و برنامه‌های رایانه‌ای تعریف می‌شوند. این امر شامل ورودی، خروجی و فایلهای مورد استفاده، زبان برنامه‌نویسی مورد نیاز و غیره می‌باشد.
فلورچارت رویه‌های رایانه‌ای به همراه نمودارهای ساختار نرم‌افزاری در CBR به عنوان خروجی این مرحله آماده می‌گردد تا بر اساس آن عملیاتهای برنامه‌نویسی در مرحله پنجم انجام گیرد. در پایان این مرحله، متخصصین فنی در مورد خروجی بازنگرهای کارشناسانه انجام می‌دهند.
مرحله 5- ساخت نرم‌افزار: هدف این مرحله تولید و ساختار برنامه‌ها- چه دستی و چه خودکار- و آزمون و استقرار آن می‌باشد. این آزمون و آزمایشها بر اساس شاخصهای تهیه شده در CRB صورت می‌پذیرد. داده‌های آزمایشی تهیه و نتایج نهایی جمع‌آوری می‌گردند.
مرحله 6- آزمایش نرم‌افزار: در این مرحله یک آزمون «رشته‌ای» از تمامی‌برنامه‌های موجود در یک رویه رایانه‌ای خاص انجام می‌پذیرد. اگرچه که هر یک از این برنامه‌ها در مرحله 5 مورد آزمون قرار گرفتند، اما در مرحله تمامی‌آنها به عنوان یک کل در یک مجموعه آزمایش می‌شوند. باز هم آزمون باید بر اساس خصوصیات و ویژگیهای مندرج در CRB انجام گیرد.
مرحله 7- آزمون زیرسیستم: در این مرحله کلیه رویه‌های یک زیرسیستم مورد آزمایش قرار می‌‌گیرد.
مرحله 8- عملیات سیستم: در این مرحله کل سیستم (یا زیرسیستمهای خاص) مورد آزمایش قرار می‌گیرد و در نهایت استقرار می‌یابد. کاربران و پرسنل مرتبط با سیستم آموزش می‌بینند تا از چگونگی بهره‌برداری و نیز نحوه انجام فرآیندها اطلاع یابند. به این ترتیب سیستم جهت استفاده و روتین و مستمر آماده است.
مرحله 9- ارزیابی ISEM: مرحله 9 جهت انجام یک ارزیابی از کل سیستم صورت می‌پذیرد. بر اساس گزارشهای مراحل پیش، سیستم جهت تعیین اینکه تا چه میزان بر اساس خصوصیات و ویژگیهای تعیین شده فعالیت می‌کند، ارزیابی می‌شود. همچنین مقایسه و ارزیابی میان تخمینهای زمان و هزینه و مقادیر واقعی آنها صورت می‌گیرد. خروجی رسمی‌این مرحله گزارش ارزیابی سیستم است.
برخی مزایای عمده متدلوژی مهندسی سیستم‌های اطلاعاتی، پایان این بخش می‌باشد؛
از این طریق اطمینان حاصل می‌گردد که پرسنل توسعه سیستم «کار صحیحی  را انجام می‌دهند» و سیستمی‌را توسعه می‌دهند که پاسخگوی نیازهای اطلاعاتی سازمان می‌باشد.
•کنترل بر فرآیند توسعه را با ساده‌سازی امور مربوطه بهبود می‌بخشد.
•باعث فرآیند توسعه سیستمها می‌گردد.
•عملکرد پرسنل توسعه را از طریق رویکرد استانداردو ثابت بهبود می‌بخشد.
•ارتباطات میان کاربران نهایی و پرسنل توسعه و همچنین میان خود اعضای توسعه سیستم را تسهیل می‌نماید.
•پایایی، ثبات و کیفیت سیستمها را بهبود می‌بخشد.
•از این طریق سیستمها با قابلیت اطمینان بیشتر کار می‌کنند و نگهداری و اصلاح آنها ساده‌تر است.
•بهره‌وری مهندسی نرم‌افزار را از طریق ارتقای مهندسی کل سیستم افزایش می‌دهد.
•کنترل برنامه‌ریزی پروژه و اجرای آن را بهبود می‌بخشد.
•کنترل بر منابع اطلاعاتی در سازمان را بهبود می‌بخشد.
•از طریق ارائه اطلاعات درست و به موقع، مزیت رقابتی برای سازمان پدید می‌آورد.